黑枸杞原产自自然条件严酷的柴达木盆地的戈壁盐碱地带，抗病害能力很强，主要病害有蚜虫、白粉病、黑果病、根腐病等。种植时春季和雨季可打多菌灵或者代森锰锌等抗菌类药物，发上述病时，可在发病初期喷波尔多液或50％多菌灵1000倍液防治。根腐病发病时，初期可用50％的多菌灵1000至1500倍液灌根防治。在开花结果前以退菌特、多菌灵和波尔多液为主，开花结果后以代森锌为主，或多种药剂交替使用，每周喷药 1次，也可在雨后立即喷药。如果发生蚜虫、土虱等虫害，可用40％乐果乳油1000-1500倍液或50％马拉硫磷乳油1000-2000倍液或50％磷胺乳油1000-1500倍液喷雾，每10天1次，连续3-4次。